南方連絡海域、南方泊地海域へ進撃していくと潜水艦が出現します。
装備や陣形など気をつけなければいけなくなるため、この辺りから何も考えず進むというのは難しくなってきます。
簡単な注意や装備例、育てるのにオススメの艦を紹介してみます。

この記事は乙作戦で攻略しているものです。

スクショが多めになってます。気をつけてください。
南方連絡海域-第一海域
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このマップ、ブラウザ版では見覚えがないような気がします(ありましたっけ?)。
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ボス到達
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出撃した編成はこのような感じでした。
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ボスでは空母が出現するので、できれば制空を取るために戦闘機を積みたいですが、この時点では開発するほどの余裕がないため艦爆、艦攻を積んで道中に備えます。このマップでは潜水艦は出現しません。

ほかは基本的に主砲を2つと偵察機積んでおけばいいと思います。

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南方連絡海域-第二海域
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ここはブラウザ版での1-5に相当するマップですね。ここでは敵に潜水艦出現します。
ルート固定できると思ってとりあえず軽空母、航空戦艦、駆逐、軽巡で出撃しましたが逸れました。
ルート分岐規則にも変更があるようです(?)。とりあえず小数の艦隊という説明には変更がないので、出撃任務がある第六駆逐隊「暁、響、雷、電」の駆逐艦4隻で出撃しています。(まだ攻略中です)

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基本的に潜水艦が出現するマスでは単横陣を選びましょう。
戦闘コマンドは回避、対潜、対潜を選んでいますが、、もっといい方法があるのかもしれません。
乙作戦だからかもしれませんが、1戦目から開幕雷撃を撃ってくることがあります。
ちなみに、ブラウザ版では夜戦で潜水艦へ有効なダメージを与えることができませんが、艦これ改では夜戦でも潜水艦へ攻撃が通るようになっていました。


流石に1桁レベルの駆逐艦の対潜攻撃で攻略するのには無理があるので、爆雷とソナーを開発しました。
ブラウザ版wikiからソナー・爆雷のレシピです。 (駆逐艦か軽巡・雷巡または潜水艦を秘書にすると出やすい)
10 30 10 31 爆雷とソナー同時狙い三式爆雷・三式ソナー共に出る。 どちらも欲しい場合に効率が良い 失敗率は40%ほど
11650回中 三式ソナー2.2% 九三ソナー5.8% 三式爆雷2.0% 九四爆雷9.9% ペンギン36.9%
実際には艦これ改では開発最低値がALL20になっているので20/30/20/31などでいいと思います。出ることは確認しました。
開発以外でも任務報酬でもいくつかは手に入れることができたと思います。

このように爆雷とソナーをセットで積むことで対潜補正があることがブラウザ版では知られているので、艦これ改も同様ではないかと思います。
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とりあえずなんとか4隻分の4セットを用意したのでこれから挑んで行きます。

旗艦が大破すると強制帰投なのはブラウザ版と変わらないようです。
そういえば、ブラウザ版では中破状態で攻撃を受けて大破になっても損害表示が変わる位でしたが、艦これ改では中破、大破の度に大きく表示されていたような気がします。(ショートカットしてしまうと分からないからうろ覚えです)
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ちなみに南方泊地海域の第一海域ですが
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15冬イベントE1ですね。こちらも道中で潜水艦が待っていました。やはり対潜装備が大切です。

任務報酬で、
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この辺りを入手できました。

あとは演習の種類ですが、演習任務をこなしていくと増えていき、総合演習というものまでを確認しています。
それぞれ、演習することで経験値と、演習に対応する能力が上がることがあります。
序盤は修理費用を捻出するのも難しいため、演習でレベルを上げていくのもよさそうです。
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序盤で狙ったり育てるのにオススメの艦娘
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この辺りの艦娘は任務があるので確保しておいた方がいいです。他にも編成出撃任務がある艦や艦種があるので任務の説明を確認してください。

摩耶、最上、千歳 千代田、伊勢 日向、五十鈴 阿武隈 鬼怒、大井 北上などは10レベル代から改へ改造することができるため序盤から終盤まで役に立ちます。他の艦も一般的には20レベル~30レベル位で改へと改造できるため、攻略の前に改まであげてしまうのもいいかもしれません。
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あと駆逐艦では序盤で容易に入手可能な夕立ですが、55まで育てて夕立改二へ改造することで駆逐艦トップの性能へ成長し、見た目も大きく変わるので、育てておくことをオススメします。他には綾波、時雨、暁、吹雪等も駆逐艦トップクラスへ成長するので育ててみてください。基本的に改二が存在する艦は全てオススメです。
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ある程度進めてみて思ったのですが最初は燃料が不足しがちですが、開発資材も不足しがちですね。
ブラウザ版をはじめた頃、デイリー任務の分をあえて最低値で開発し、失敗で終わらせて開発資材を増やすというのをやっていたのを思い出しました。(失敗では資源のみ消費で開発資材は消費されません)
現在は壱の年 睦月22日です。

追記:
戦略画面で△ボタンを押すことで艦隊の確認、編成、補給、入渠が行えます。編成画面等に行かなくてもいいので便利です(見落としてました)。


基本的にMAPやルート、各種情報などはブラウザ版同様なので詰まったらブラウザ版のwikiを確認してみてください。
http://wikiwiki.jp/kancolle/

まだ情報は少ないですが、艦これ改のwikiもできていました。 
艦これ改 攻略・まとめ Wiki* - http://wikiwiki.jp/kancollekai/